In einem zugegebenermassen speziellen Fall wird die ESTV dem Steuerpflichtigen Vergütungszinsen von über CHF 1 Million zusätzlich zur zu Unrecht geschuldeten MWST zurückbezahlen müssen. Der Zins macht in diesem Fall etwa 40% der Gesamtzahlung aus.
In Zeiten, in welchen Hypothekarkredite zu weniger als 1% verzinst werden, sind die aktuell 4% (bis Ende 2009 waren es noch 5%) der ESTV sehr hoch.
Dieser Zinssatz kommt aber auch als Verzugszins zur Anwendung. Stellt die ESTV im Rahmen einer Revision fest, dass zuwenig MWST abgerechnet worden ist oder korrigiert der Steuerpflichtige gestützt auf Art. 72 MWSTG Fehler aus der Vergangenheit, so ist zur MWST auch der Verzugszins geschuldet. Der Steuerpflichtige kann auch nicht argumentieren, dass das Verfahren durch die ESTV unnötig in die Länge gezogen worden ist. Das Bundesgericht hat schon mehrmals festgehalten, dass es dem Steuerpflichtigen unbenommen ist, die strittige MWST unter Vorbehalt zu bezahlen.
Es ist deshalb auch dann sinnvoll, die strittige MWST zu bezahlen, wenn der Steuerpflichtige mit der Entscheidung der ESTV nicht einverstanden ist und ein Rechtsmittelverfahren anstrengt. Das Geld ist bei der ESTV nicht nur absolut sicher, sondern auch mit einer guten Rendite angelegt.